Introducción. La evaluación de tecnologías sanitarias en enfermedades raras y medicamentos huérfanos se ha convertido en objeto de atención mayor para científicos, directivos ysociedad en general. Dado su carácter polémico requiere de valoraciones y análisis desde diferentes perspectivas. Las evaluaciones económicas de tecnologías pueden contribuir a una mejora en la toma de decisiones y asignación de recursos. Objetivo: Describir y discutir acerca de un conjunto de temas considerados de relevancia para abordar la evaluación económica de tecnologías sanitarias en enfermedades raras y medicamentos huérfanos. Método: Se realizó una revisión bibliográfica y documental sobre el tema así como consultas a investigadores y directivos sobre debilidades relacionados con el tema. Resultados: Los aspectos más discutidos fueron la eficiencia, la equidad y la sostenibilidad de la financiación de tecnologías en enfermedades raras y medicamentos huérfanos. Se identificó un conjunto de debilidades a tener en cuenta para profundizar en el análisis económico de este tema